Trường THPT số III Bảo Yên được thành lập từ tháng 6 năm 2004. Khi vừa thành lập, năm học 2004-2005, trường có 4 lớp 10. Hiệu trưởng đầu tiên của trường là thầy giáo Hoàng Văn Chúc. Việc thành lập trường đã mở ra một chặng đường phát triển mới của giáo dục huyện nhà. Từ đây học sinh Tân Tiến, Nghĩa Đô, Vĩnh Yên và ½ xã Xuân Hòa có nhu cầu học cấp THPT không còn phải ra tận Phố Ràng xa tới vài chục cây số vất vả như trước nữa.

Những năm học tiếp theo là những năm vô cùng khó khăn của thầy và trò nhà trường. Việc dạy và học của thầy trò nhà trường phải học chung với trường THCS Nghĩa Đô. Các sinh hoạt tập thể rất khó khăn: thiếu nước sạch, không có điện, lớp học và nhà ở giáo viên làm vách nứa . Học sinh nửa buổi đi học, nửa buổi cùng các thầy cô giáo và cha mẹ học sinh xây dựng trường lớp. Chính quyền địa phương và nhân dân các xã đã hết lòng giúp đỡ, chở che cho thầy trò, động viên nhà trường hoàn thành nhiệm vụ.

Năm 2006, Dự án phát triển giáo dục trung học đầu tư xây dựng cho nhà trường dãy nhà 4 tầng với 12 lớp học và các phòng chức năng đáp ứng yêu cầu dạy và học. Đến tháng 8 năm 2014 trường mới có khu làm việc của Ban Giám hiệu và các phòng chức năng. Đến tháng 10 năm 2017 hoàn thành khu bán trú và nhà công vụ giáo viên. Con đường bê tông vào khu tập thể GV và HS là công sức của các thầy cô và học sinh toàn trường trong công cuộc tham gia xây dựng nông thôn mới. Những năm này, ngoài giờ học chính khoá, thầy trò thường có nhiều buổi lao động cải tạo đồi cây, sân bóng đá, đường đi và xây dựng cảnh quan trường lớp xanh - sạch - đẹp - an toàn.

Thực hiện chủ trương học đi đôi với hành, giáo dục kết hợp với lao động sản xuất, nhà trường gắn liền với xã hội, nhiều năm liền nhà trường đã đưa học sinh về các địa phương cùng tham gia lao động với bà con nông dân. Thầy trò cùng cấy và gặt lúa ở xã Nghĩa Đô, Vĩnh Yên, đặc biệt là tham gia xây dựng nông thôn mới tại địa phương như: dọn dẹp vệ sinh bảo vệ môi trường, đổ đường bê tông,…

Đến nay cơ sở vật chất của nhà trường đã và đang được xây dựng ngày một khang trang.Trường đã có 11 phòng học kiên cố với những trang thiết bị đầy đủ phục vụ cho việc dạy và học. Bên cạnh việc phát động, khuyến khích giáo viên làm đồ dùng dạy học, nhà trường đã đầu tư mua sắm trang thiết bị, đồ dùng dạy học, thúc đẩy việc ứng dụng công nghệ thông tin vào giảng dạy để nâng cao chất lượng. Nhà trường đang tiếp tục xây dựng mô hình trường học gắn với thực tiễn, bước đầu vận dụng mô hình giáo dục STEM và hoạt động giáo dục của nhà trường.